在鄭文芳醫師與研究團隊的努力下，臺大醫院研發出癌症疫苗和免疫療法。此種療法最大的特色，在於能夠清除全身而非僅是侷限在局部的癌細胞，此外，它只會攻擊癌細胞而不會傷害正常細胞。

　鄭文芳醫師主要以DNA疫苗這種先進的疫苗型式來研發子宮頸癌疫苗和實行癌症免疫治療。腫瘤細胞在受人類乳突病毒的感染後，會表現出特定的腫瘤病毒抗原。鄭文芳醫師首先將病毒的E6或E7抗原，以分子生物學的方式構築出完整的DNA序列，並接合到基因表現載體上。此時在E6或E7前後端，再接合一個輔助性的分子，使抗原毒殺T細胞能辨識出帶有E6或E7抗原的腫瘤細胞，進一步的清除受到HPV感染後帶有E6或E7的腫瘤細胞。在約翰霍普金斯大學兩年的研究生活中，鄭文芳醫師已經證實這些嵌合型DNA疫苗，對於治療鼷鼠體內具E7表現的癌細胞有完全清除的效果。

　回到臺大之後，鄭文芳醫師體認到研發子宮頸癌疫苗最終仍是以人為目標，因此最初的構想，是以DNA疫苗進行人體試驗。侷限於國內當時無完善的相關法規規範免疫治療之應用，再加上國內生技公司在製備包括DNA疫苗技術上尚未臻成熟，只好暫時繼續DNA疫苗的前臨床(動物)試驗。

　直至現今，生物技術的發展已改變，鄭文芳醫師疫苗研發的策略，也發展到目前規範較完備的蛋白質疫苗和細胞疫苗為主。細胞疫苗的製備，是先從病人身上抽取週邊白血球，將其培養為樹突細胞(dendritic cell, DC)後，再以人類乳突病毒的E7蛋白質刺激樹突細胞。最後，再將此特異的樹突細胞施打回病人身上，使其體內產生人類乳突病毒特異的免疫反應，殺死癌細胞來進行免疫治療。鄭文芳醫師的團隊目前已經製造出維持良好活性條件的蛋白質，利用此平臺作成子宮頸癌融合蛋白質疫苗，來進行動物試驗，目前已證實蛋白質疫苗兼具預防和治療的效果。

　鄭文芳醫師的團隊所研究的疫苗與即將上市的疫苗有所不同，藥廠目前研發的子宮頸癌疫苗屬於「預防性疫苗」，在注射後只能避免受到人類乳突病毒的感染。鄭文芳醫師研究團隊的子宮頸癌疫苗，不論是DNA疫苗、細胞疫苗或是蛋白質疫苗，注射後可以同時產生「體液性和細胞性免疫反應(humoral and cllular immunity)」，因此兼具「預防和治療」的效果，目前細胞疫苗的免疫治療已在臺大醫院進行臨床試驗。值得期盼的是，此疫苗除了應用在子宮頸癌之外，未來包括其它直腸癌、食道癌、口腔癌等與人類乳突病毒有關的癌症，均可運用此方式來治療。

　鄭文芳醫師所帶領的研究團隊持續追求創新，除經常於國際知名的期刊發表論文，在近年的生物醫學研究領域中表現十分亮眼，特別在癌症的預防和治療的研究方面的卓越成就，更使癌症的預防和治療將指日可期！